我的理解是每条线路都是一个独立的世界，每个世界都有独立的时空，也就是说，时间轴不只一个而是每个世界都有一条。所以在一个世界中汐已经离世，而另一个世界中，她可能还没有出生，如果有统一可以参照的坐标系的话。物理学中的平行世界的假说可能就是这种设定的来源：
http://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E5%B9%B3%E8%A1%8C%E4%B8%96%E7%95%8C《魔兽世界》中提出的副本概念也与之类似。
在Clannad中特殊的是似乎在不同世界中的同一个人都是共享一个灵魂的，之间有无视时间顺序的互动。
1&2 两问很多重复，我就一起说了。
在其中一个世界中，渚和汐相继病逝，如果麻枝的话是按楼主的思路按楼主的思路理解，在那之后承载5年模糊记忆的汐创建了幻想世界。因为时间轴的独立，其他世界中可能还有若干个汐还活着的世界。所以并不影响和其他世界中朋也的互动。幻想世界中引发奇迹之后，让其中一个世界中的渚没有死去，而窗外飘舞光玉的最后便是这个世界。而渚和汐相继逝去的世界，和其他女主角在一起的世界，还是以各自时间轴存在，并未消失。
汐最后诞生于飘舞光玉的世界时，幻想世界到底有没消失是无法确定的。虽然游戏和动画中剪辑在一起发生的，但因为没有统一的参考坐标系，根本无法比较谁先谁后，相隔多久。就像没法比较圣斗士与火影中的忍者谁比较强一样。而灵魂共享的同步是无视时间顺序的，所以没有办法作为参照标准。
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以上已经说了，时间轴不存在重置，因为本来就是各自独立的，只是发生于不同平行世界的事而已。在至少一个平行世界中，朋也选择了渚，这其中会有一个平行世界里，汐诞生。在汐诞生的若干个世界中，又会有一个世界，汐在5岁时病逝。幻想世界因此诞生。而这个世界的朋可能马上随汐而去，也可能很久之后才离世跟去幻想世界。而其他主角的线路都有属于自己的世界，所以不存在拿了光玉就闪人的情况。在某个世界里，朋也选择了其他的角色，比如智代，就会和智代相恋，至于会不会到老，那也是天知道的事。但是这个世界和朋也选择渚的世界是各自独立的两个世界，这个朋也和那个选择渚的世界的朋也是完全不相干的两个人，仅仅可能有偶尔的灵魂共享。最后所有的角色在各自世界得到幸福，产生光玉之后，奇迹引发。至于这奇迹只能作用于一个世界还是多个，依然不能确定。不过根据结局，至少有一个世界的渚能够安然产下汐并陪伴她长大。而渚和汐逝去的世界中，时间轴依然会继续下去，朋也还是会带着悲伤的回忆终其一生或者再和其他人相恋。
