问题真多，嘛，一个个答吧（彻底剧透，点击红色字体打开）：
※劇情疑問
写在前头，我觉得LZ有必要去认真看一次彩的回忆，也就是重播之前的那段。
1.由于挺多问题都是游戏原文已经有答案了，我就不贴出原文了，直接给出答案：
（1）.朱鹭户 沙耶是这个漫画里的角色
（2）.请认真看看彩的回忆，彩是日本人，接触得最多的当然是日语，母语是日语我觉得挺正常，没啥特别的。
（3）.没啥特别用意，纯粹是因为有趣
（4）.根据（1），沙耶只是漫画里的人物，游戏完全没提到她的亲人。另外，彩的部分第一句话就是：“母亲不在我的身边”，总之就是离开了彩，唯一的亲人只有父亲。
（5）.这个就比较微妙了，游戏本来就是这样设定，彩所在的施工现场遇到山体滑坡，被土埋了，左眼的伤势也是这场意外造成的。至于有什么特殊用意，那就不太清楚了。
2.彩的回忆里有说过，彩的愿望是追逐青春，曾经回过一次日本的彩遇到了理树，并与他一起玩耍。在温暖的世界里与同伴玩耍，这是彩一直渴望的生活。但这样的生活并不是她父亲所追求的，回到战场的彩无法放下一直渴望的梦想，被她父亲救助过的病人们的笑容对彩来说却像毒药，她觉得怀着讨厌这个地方，想回到温暖故乡这种想法的自己不配拥有这种荣誉，所以她才说自己不可能得救。
3.重播部分的剧情就像在玩RPG，死了就重来，这是恭介安排好的法则。
4.没试过，不清楚。
5.根据（1）朱鹭户沙耶是漫画里登场的人物。也就是说，朱鹭户沙耶只是个角色，来自恭介最喜欢的漫画，同时也是彩非常喜欢的角色。所以沙耶是个应恭介以及彩的兴趣而诞生出来的存在。也是是妄想出来的人物，所以恭介才会强迫她消失。
跟据彩的经历，彩与恭介一样，喜欢同一个漫画，喜欢同一个角色。也就是说，两人的心灵在这个角色上产生了共鸣。个人猜测，修学旅行的巴士掉下山崖的时候刚好也是彩遇到事故的时候。恭介在黑暗里拼命呼喊时，心灵的波纹也传达到彩身上，充满温暖的世界有彩一直憧憬的青春，共同的爱好让彩有了进入心灵世界的契机，所以彩进入了恭介他们创造的世界。所以，彩与恭介的思念一起创造了朱鹭户沙耶这个角色，而彩选择了这个角色。
一开始恭介以为沙耶纯粹是他妄想的产物，他觉得放任她不管，当她玩够的时候就会自动消失，但实际上，沙耶这个角色却被彩替代。彩的回忆里强调过，彩为了抑制自己的心愿，让自己变成只会服从命令，其实，整个间谍行动都是恭介策划的，为了让沙耶这个角色可以随心所欲的“玩”间谍游戏，本来沙耶也是跟着恭介的剧本走，最后达到迷宫最深处，完成任务的时候就会消失。但沙耶遇到了理树，并与理树建立羁绊，渐渐的，她的目的，从完成任务转变成与理树在一起，并在完成约定的时候选择自暴，离开那个世界。
6.沙耶只是妄想出来的角色，确实不能算是人。5那里已经解释过了，不需要再重复。
7.时风就是恭介，无误
8.游戏里没提，个人猜测是不知道。
9.恭介创造出来的，彩的回忆有说过，在她的认知里，M134是最强的武器，她需要最强的武器，于是恭介就为她创造了这玩意。顺便说，与沙耶作战的其它间谍、黑影、迷宫、以及沙耶使用的武器等应该都是恭介创造出来的东西。
10和11.沙耶是漫画里登场的人物，是个妄想出来的存在，彩是活生生的人。简单点理解，沙耶是彩进入LB世界时选择的角色，就像咱们玩RPG游戏的时候，进入游戏时选择的人物一样。
12.恭介也说了，那本漫画也没说最后的秘宝是什么，“生物兵器”只是个借口，象征任务的结束吧。这个其实不需要深究，想怎么理解都可以。
13和14.沙耶线的重点并不是生物兵器，前面也说过，彩的愿望是与理树一起追逐青春，一起感受恋爱。对沙耶来说，真正的秘宝应该是追逐青春，以及恋爱，与理树搭档到最后的沙耶已经得到了这个秘宝，可以说，她的愿望已经实现了，所以她需要离开这个世界。
沙耶离场的理由：沙耶是妄想出来的人物，根据Refrain篇的剧情，LB世界也可以说是“妄想”出来的世界，所以沙耶的存在会危害到这个世界，另一方面，沙耶的愿望只是追逐青春与恋爱，而这个世界存在的目的是理树和铃可以学会坚强，可以认为，沙耶从自身存在到存在的目的都与这个世界的目的不符，所以恭介要强迫她离开这个世界。举枪自暴正是离开这个世界的方法。
15.时光机这个，先忽略
16和17.首先说明一下，埋在土里的彩到底有没有得救这个，似乎还没有确切的考据，我猜测是她父亲成功救活了彩，沙耶举枪自暴之后彩的灵魂回到自己身体，并醒来。所以醒来时看到自己的手会说：“哎呀？真小啊”。根据彩的那张CG，彩应该明显比沙耶矮，习惯了沙耶的身体之后反而不习惯原来的身体。这个同时也说明，沙耶只是个妄想出来的存在，她并不是一开始就存在于原来的世界。
游戏里只说沙耶举枪自暴了，也就是这个妄想出来的存在消失了，彩并没有消失，而且是留下了所有的回忆，不像理树，沙耶消失之后与她在一起的记忆也跟着消失了。“一起去玩吧”我觉得应该是代表新的开始，彩的回忆常说害怕新环境，害怕新同学，但经历了这个梦之后的彩已经有足够的勇敢去面对美好的相遇，所以我觉得这句话代表了美好的相遇。同时，也符合游戏的主题（详见Refrain篇最后理树寻找软弱的那段）。
※劇情外疑問
我累了，pass~
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